花粉症治療で一般的な薬理療法（抗ヒスタミン薬）はアレルギー反応の惹起は防止せず、その代わりに身体へのヒスタミンの作用を阻止することで、アレルギー症状を減弱させる。それとは対象的に（脱感作やアレルギー注射という呼称で知られる）減感作療法や舌下減感作療法は免疫系連鎖の引き金を引く原因（アレルゲン）に対して、防御が起こる暴露アレルゲンの閾値を徐々に引き上げてゆくことでアレルゲンに対する生体の作用を寛容にする。アレルゲン免疫療法は投薬をやめると効果もなくなる薬理療法とは異なり、治療が終わっても効果が継続するという利点がある。アレルゲン免疫療法は花粉、ほこり、動物アレルギーに最も効果があり、それらが原因の喘息の治療にも役に立つと考えられている。
花粉症の季節前にアレルゲン免疫療法を開始し、10 - 14週後（2.5—3.5ヵ月後）には34%は鼻炎症状が減少し、54%は症状の軽い日が増えたという結果が示されている。花粉症の場合、2年以上アレルゲン免疫療法を継続するとアレルゲンに対する脱感作が進行する免疫的な変化が現れ73%以上で症状の減弱がみられるようにる。 アレルゲン免疫療法を受けて一年後の花粉症患者のおよそ4人に3人は目に見えた改善を経験する、そしてアレルゲン免疫療法を続け2年めの終わりには5人に4人は改善を体験するように増加した結果が示されている。場合によっては症状が消失するのではなく軽減にとどまることもある。治療方針によってはアレルゲン免疫療法は症状の軽減により治療回数が減らされる。
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5才から16才の子供に対するアレルゲン免疫療法の研究では、花粉症では治療により成人と同様な有効性が見られた。成人のアレルギー性喘息でもアレルギー性鼻炎の場合と同様に症状が減少した。子供における近年の研究ではアレルギーの初期症状でアレルゲン免疫療法を開始するとアレルギー反応が他のアレルギー症状へと悪化するリスクを軽減し、喘息へ発展するリスクも十分減らすという報告がなされている。
蜂毒による危険なアレルギー反応（アナフィラキシー）を予防する場合はアレルゲン免疫療法が中心的な部分の役割を形成している。蜂毒にアレルゲン免疫療法を適用すると、刺された場合のアナフィラキシーの防止は80から95%であり刺された昆虫によりまちまちである。