テキストから読み取れるのは、『ヨハネ福音書』が「イエスの愛しておられた弟子」である無名の著者によって執筆されたということだけである。伝承ではこの弟子はゼベダイの子使徒ヨハネであるとされてきた。詳細化された伝承においては、使徒ヨハネが最晩年エフェソスにおいて弟子プロクロスに口述筆記させたとする。しかし、19世紀以来の学術的な研究の結果、使徒ヨハネが第四福音書の著者であるという伝承に由来する意見はプロテスタントの間では支持されなくなった。現在もっとも支持される説に、『ヨハネ福音書』はいくつかの段階を経てキリスト教内のあるグループの手によって成立したとする説があり、このグループを「ヨハネ教団」と呼んでいる（後述）。福音書の内容から、ヨハネ教団は使徒ヨハネを重視しており、ヨハネ自身がリーダーであった可能性も高い[要出典]。
この福音書に関する伝統的な解釈、使徒ヨハネによる単独の著述という説を支持する保守的な立場の学者たちは『ヨハネ福音書』の成立時期は85年ごろであると考えるが、近代以降、学者たちの中には『ヨハネ福音書』が最終的に完成した時期は2世紀初頭であり、その筆者は複数、いわゆる「ヨハネ教団」であるとする説がもっとも広く認められている。この説では、『ヨハネ福音書』の最初の版の成立が50年代で、最終的に完成を見たのが100年ごろであるとしている。この説では、『ヨハネ福音書』21章を、それまでの部分とは違う筆者による部分であり、使徒ヨハネの死になんらかの説明を加えるために書き加えた部分であると考える。
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テキスト自体からも、この福音書がイエスの時代から数十年後に書かれたことを読み取ることができる。純粋にテキストから言えることは、『ヨハネ福音書』がエルサレム神殿の崩壊（紀元70年）後、同じイエス・キリストを信じるグループの中で、ユダヤ教の伝統を保持しようとしたユダヤ人キリスト教徒とユダヤ教の伝統の保持を重視しなかったパウロのグループとが完全に決裂した後に書かれたということである。聖書学者F.C.バウアーは『ヨハネ福音書』の成立を紀元160年以降と考えているが、これは成立時期の諸説の中ではもっとも遅いものである。
『ヨハネ福音書』は福音書の中で最後に成立したと考えられているので、その成立時期を特定することには福音書全体の成立時期を考える上で大きな意味がある。他の福音書と同じように、『ヨハネ福音書』もまた現在では失われた資料をもとに執筆されたものと考えられる。ヨハネ教団の研究で知られる聖書学者レイモンド・ブラウンは『ヨハネ福音書』の中には三層にわたる編集の後が見られるという。最古の層は生前のイエスを実際に知るものによる記録である。そこへ第二の層として他の資料による記述が付加され、最終的に第三の層として全体が統一的に編集されたというのである。